O conceito das bases secretas é reformulado com o nome Super-Secret Base e, como seria de esperar, permite um nível de personalização superior em comparação com as bases dos jogos originais. O "toque pessoal" que cada jogador pode dar à respectiva base é levado a um novo extremo de criatividade, sendo possível mobilar e decorar o espaço com variados objectos, num esquema que apresenta muitas semelhanças com a série Animal Crossing, o que certamente irá agradar aos fãs de ambas as franquias.

Os velhos tempos

Uma das maiores novidades é a possibilidade de o jogador tornar a base no seu ginásio personalizado, sendo possível, através do modo online (que promete ser simples e intuitivo, à semelhança do Player Search System (PSS) de X&Y), receber a visita de outros jogadores que pretendam, por exemplo, batalhar. Da mesma forma que o jogador pode receber visitas, também pode visitar as bases de outros jogadores em todo o mundo. O jogador que seja convidado a entrar numa base secreta torna-se Secret Pal do jogador-anfitrião, o que permite que ambos batalhem com frequência assim como ajudas de progressão que só Secret Pals poderão oferecer através de "habilidades secretas" e que serão úteis durante a jornada do jogador a solo. Algumas das habilidades já foram divulgadas, sendo que as duas primeiras são reminiscentes dos O-Powers introduzidos em X&Y : Battling, Egg Hatching, Level Up e Decorations. Em parte será uma reformulação de conceitos anteriormente desenvolvidos mas tal não implica que os O-Powers estejam de todo ausentes dos remakes.

Não foram adiantados pormenores relativos a eventuais benefícios exclusivos de  interacção com os jogadores que constem da lista de amigos do jogador na 3DS.

Há também um aspecto competitivo no que toca às novas bases secretas, que se traduz num sistema de ranking e no mini-jogo de "capturar a bandeira" em que este se baseia. Cada base tem um Secret PC com uma bandeira associada que o jogador, ao visitar uma base, pode capturar, num total de uma bandeira por dia por cada base visitada. O rank da equipa do jogador sobe quanto mais bandeiras este capturar, o que motiva a visita a várias bases com vista à obtenção de recompensas e todos saiem a ganhar, uma vez que a evolução do jogador nas tabelas de ranking permite a evolução das habilidades dos respectivos Secret Pals.

As cores das bandeiras variam conforme o rank do proprietário da base que é visitada, pelo que não só será possível discernir rapidamente a posição do jogador-anfitrião como os visitantes poderão fazer o mesmo ao visitar a base do jogador, naturalmente.

De forma a fazer chegar mais longe a sua base a a atrair potenciais visitantes, o jogador terá a hipótese de gerar um código QR pessoal através do qual outros jogadores poderão aceder à base com um simples scan com as câmeras da 3DS. A funcionalidade do StreetPass também irá permitir o acesso imediato às bases dos treinadores que cheguem ao sistema, caso estes possuam Omega Ruby e Alpha Sapphire.

Para não restarem dúvidas sobre como tirar o máximo partido nas novas bases secretas, os jogadores irão conhecer Aarune, o Expert das Bases Secretas, um aventureiro que, juntamente com o seu Flygon, percorre o mundo e que ensinará ao jogador tudo o que é necessário saber sobre o novo conceito, em determinados pontos da jornada.